Rozpad federace a česká samostatnost
Přípravu druhých svobodných parlamentních voleb chystaných na červen 1992 výrazně poznamenaly diskuse a státoprávní spory mezi českou a slovenskou politickou reprezentací. Snahy slovenských politiků o prosazení neustále rozšiřovaných republikových kompetencí na jedné straně a nedostatečná prozíravost a malá ochota jejich českých partnerů k decentralizaci státní moci na druhé straně končily často ve vyhrocených situacích a staly se živnou půdou pro zpočátku málo početné přívržence slovenské samostatnosti. KDU-ČSL od počátku hledala východisko z těchto sporů jednak v jasně definované struktuře spolkového státu tvořeného třemi subjekty (Čechy, Morava, Slovenská republika) a jednak v trvalých kontaktech a konzultacích s názorově blízkým slovenským Krestiansko-demokratickým hnutím (KDH). Malý efekt jednání s KDH, které bylo v té době vládnoucí slovenskou stranou, způsobily především rozpory uvnitř KDH, které vedly těsně před volbami k odtržení přívrženců slovenské samostatnosti od mateřského hnutí. Pro tehdejší českou politiku je příznačné, že teprve těsně před parlamentními volbami 1992, v době, kdy už bylo nebezpečí rozpadu federace zcela zřejmé, se k programu spolkového státu jasně přihlásila i většina ostatních politických stran a hnutí v České republice.
V českých zemích dosáhla v červnových volbách 1992 nejvýraznějšího úspěchu Občanská demokratická strana, zcela propadlo a do parlamentu se nedostalo Občanské hnutí, sdružující největší počet reformních komunistů z r. 1968. KDU-ČSL získala 6 % hlasů.
Na Slovensku podpořili voliči především strany prosazující mezinárodněprávní subjektivitu Slovenské republiky. Výraznou většinu si zajistilo Hnutie za demokratické Slovensko vedené Vladimírem Mečiarem.
Naprosto rozdílné představy české a slovenské politické reprezentace o budoucí podobě Československa vedly v druhé polovině r. 1992 k postupnému hledání cest pro pokojné rozdělení československé federace na dva samostatné státy. KDU-ČSL tento proces i přes lítost nad zánikem Československa podpořila, protože se jednoznačně přesvědčila, že touha po vlastní státnosti mezi slovenským obyvatelstvem v průběhu r. 1992 zřetelně převládla. Československá federativní republika zanikla k 1. lednu 1993.
Po parlamentních volbách v červnu 1992 vytvořila KDU-ČSL společně s vítěznou Občanskou demokratickou stranou (ODS), Křesťanskodemokratickou stranou (KDS, kandidovala v koalici s ODS) a Občanskou demokratickou aliancí (ODA) pravicově orientovanou vládní koalici. I přes relativně nevýrazný volební výsledek si tak zajistila podmínky k prosazování základních cílů svého volebního programu.
Ve vládě České republiky měla KDU-ČSL čtyři zástupce. Ing. Josef Lux byl místopředsedou vlády a ministrem zemědělství. Doc. ing. Antonín Baudyš řídil ministerstvo obrany, do 17. 1. 94 byl ministrem kultury PhDr. Jindřich Kabát (po odstoupení byl vystřídán Pavlem Tigridem - nestraníkem navrženým KDU-ČSL). Ing. Stanislav Bělehrádek stál v čele ministerstva pro hospodářskou soutěž.
V Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR měla KDU-ČSL 15 poslanců. Pracovní zaměření poslanců obou zákonodárných sborů v období od voleb do konce r. 1992 bylo zcela podřízeno snaze o nalezení ústavního postupu pro rozdělení federace a přípravě nové Ústavy ČR. Teprve v posledních dnech roku byly schváleny zákony daňové reformy, zákony o pojištění a státní rozpočet na r. 1993. První měsíce r. 1993 byly naplněny přípravou voleb presidenta. Neúspěchem skončily diskuse o naplnění Senátu převodem federálních poslanců.
Už ve Federálním shromáždění se poslanci KDU-ČSL snažili o prosazení zákona o restituci majetku církví a náboženských společností. Tento zákon, požadující navrácení majetku, který církvím zabavila komunistická moc, nebyl v r. 1992 ve Federálním shromáždění přijat jenom ve slovenské části parlamentu. Jeho přijetí bylo jedním z předpokladů budoucí odluky církví od státu, a proto poslanci KDU-ČSL počátkem r. 1993 jeho zásady znovu předložili, tentokrát v parlamentu České republiky. Výrazný posun od konzervatismu k liberalismu, který byl v řadách ODS stále patrnější, spolu se sílícím vlivem více či méně ateisticky orientovaných politiků, vyvolal v souvislosti s tímto návrhem značné koaliční spory. Snaha presentovat vzniklé rozpory jako rozdíly mezi "křesťansky" a "občansky" orientovanými stranami skončila příklonem ODA ke stanovisku KDU-ČSL a KDS a požadavkem na uzavření restituční problematiky vyřešením nároků některých dalších subjektů (židovské obce, hospodářská družstva tvořená fyzickými osobami, lesní družstva obcí, některé spolky, emigranti). Restituční problematika se tak stala zkušebním kamenem ověřujícím postoj jednotlivých stran k soukromému vlastnictví.
V lednu 1994 odešel ze své funkce na požádání ministr kultury PhDr. Jindřich Kabát a nahradil ho bývalý poválečný člen ČSL Pavel Tigrid. Své odstoupení zdůvodnil osobními důvody, ale i problémy v koalici. Počátkem března se konalo zasedání CV KDU-ČSL, které se zabývalo rostoucí kriminalitou a navrhlo sankční princip “3x a dost”. Další zasedání pověřilo J. Kasala, aby svolal jednání koalice o restituční tečce. V září byl odvolán ministr obrany ing. A. Baudyš vedením strany za neschopnost provádět transformaci armády. Na jeho místo nastoupil RNDr. Vilém Holáň. V komunálních volbách byla KDU-ČSL úspěšná a v počtu mandátů skončila na 1. místě.
V roce 1995 učinila KDU-ČSL jedno z nejdůležitějších rozhodnutí poslední doby. Nadále již netrvala na tzv. australském volebním systému do senátu a podpořila návrh na jednomandátové volební obvody. Rok 1996 byl rokem voleb. Vedení strany prohlásilo, že volební program vychází z křesťanských hodnot a nebude obsahovat cizí principy, např. britské konzervativní strany. J. Lux popudil ODS, když prohlásil, že v příští koaliční vládě by neměla mít žádná strana dominantní postavení. Zároveň žádal změnu vztahů v koalici v zájmu konstruktivního řešení problémů.